北京市農(nóng)林科學(xué)院建有4個(gè)國(guó)家級(jí)檢測(cè)機(jī)構(gòu)，1個(gè)國(guó)際ISTA檢測(cè)資質(zhì)認(rèn)定的檢測(cè)機(jī)構(gòu)。
　　農(nóng)業(yè)部蔬菜種子質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試中心：我國(guó)第一個(gè)具有國(guó)際種子檢驗(yàn)資質(zhì)的實(shí)驗(yàn)室，2013年3月獲得ISTA(國(guó)際種子檢驗(yàn)協(xié)會(huì))執(zhí)行委員會(huì)的確認(rèn)和授權(quán)，可以授權(quán)出具種子質(zhì)量進(jìn)出口國(guó)際檢驗(yàn)證書(shū)，檢驗(yàn)數(shù)據(jù)國(guó)際對(duì)等互認(rèn)。使我國(guó)擁有與種子質(zhì)檢機(jī)構(gòu)同等的話語(yǔ)權(quán)，有利于消除種子進(jìn)出口質(zhì)量檢驗(yàn)的技術(shù)壁壘，幫助我國(guó)種企提升種子質(zhì)量檢測(cè)能力，提高我國(guó)種業(yè)的國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)力。
　　農(nóng)業(yè)部果品及苗木質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試中心（北京）：農(nóng)業(yè)部授權(quán)的、經(jīng)過(guò)國(guó)家計(jì)量認(rèn)證的、具有第三方公正地位的產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試機(jī)構(gòu)。2005年9月經(jīng)農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全中心批準(zhǔn)，成為農(nóng)業(yè)部無(wú)公害農(nóng)產(chǎn)品定點(diǎn)檢測(cè)機(jī)構(gòu)。授權(quán)檢測(cè)范圍為果品及苗木15類產(chǎn)品，承檢參數(shù)包括感官檢測(cè)、含水率、可溶性固形物、總酸、固酸比、還原糖等45項(xiàng)。
　　北京玉米種子檢測(cè)中心：是依托自主創(chuàng)新的玉米標(biāo)準(zhǔn)DNA指紋庫(kù)構(gòu)建及其關(guān)鍵技術(shù)為核心的玉米種子真實(shí)性檢測(cè)質(zhì)檢機(jī)構(gòu)，2011年通過(guò)農(nóng)業(yè)部考核認(rèn)證，成為首個(gè)具有農(nóng)業(yè)部玉米品種真實(shí)性檢測(cè)資質(zhì)的專業(yè)機(jī)構(gòu)，構(gòu)建了已有26000多個(gè)品種全球數(shù)量最大的玉米標(biāo)準(zhǔn)DNA指紋庫(kù)，制定了《植物品種鑒定 DNA指紋方法 總則》《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程 SSR標(biāo)記法》等5項(xiàng)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)。
　　北京小麥種子檢測(cè)中心：2015年3月獲得了中華人民共和國(guó)農(nóng)作物種子質(zhì)量檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)資質(zhì)，是農(nóng)業(yè)部指定的小麥品種DNA指紋檢測(cè)單位。率先系統(tǒng)研究和創(chuàng)立了小麥DNA指紋檢測(cè)技術(shù)體系，使我國(guó)成為世界上第一個(gè)全面應(yīng)用DNA指紋檢測(cè)小麥品種及種質(zhì)資源的國(guó)家。制定了農(nóng)業(yè)部行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《主要農(nóng)作物品種真實(shí)性SSR分子標(biāo)記檢測(cè) 普通小麥》，構(gòu)建了我國(guó)小麥品種DNA指紋數(shù)據(jù)庫(kù)。