位于農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)鏈最上游的種業(yè)，是農(nóng)業(yè)最重要的生產(chǎn)資料，不同于其他產(chǎn)業(yè)，是國家的戰(zhàn)略性、基礎(chǔ)性核心產(chǎn)業(yè)，也是促進農(nóng)業(yè)長期穩(wěn)定發(fā)展的根本。大力發(fā)展現(xiàn)代種業(yè)是“十三五”現(xiàn)代農(nóng)業(yè)建設(shè)的重點，然而，我國種業(yè)發(fā)展中面臨著一系列的阻礙因素，其中比較突出的有以下三個問題。
　　1創(chuàng)新性不足
　　突出表現(xiàn)在原創(chuàng)性不夠，與種子相關(guān)的基礎(chǔ)性創(chuàng)新不夠。例如雜交水稻、雜交玉米等，雖然每年都出來一些新的品種，但大多數(shù)都是跟隨育種和模仿育種，突破性的極少，因為基礎(chǔ)材料不能支持。
　　我國多數(shù)種子企業(yè)不具備基礎(chǔ)研究的能力，基礎(chǔ)研究應(yīng)該在國家隊，即大學(xué)和農(nóng)科院，種子法也是這樣規(guī)定的。但現(xiàn)實情況卻是，很多科研人員熱衷研發(fā)品種，而不熱心搞基礎(chǔ)研究。因為搞基礎(chǔ)研究需要長時間的堅持和投入，成果很難出，另外研究人員的課題申請和個人利益得不到保障；而搞品種研發(fā)卻能較快見到成果、取得效益分成、得到經(jīng)濟利益。
　　我國現(xiàn)在有70多家育、繁、推一體化的種子企業(yè)，但是能夠真正系統(tǒng)地搞自主研發(fā)的企業(yè)不足10家。搞種子的科研投入是很費錢的，例如大北農(nóng)成立了一個生物中心，每年的研發(fā)投入近1億元，現(xiàn)在仍然在堅持。
　　這種科研投入一般的種子企業(yè)根本無法承擔(dān)，但是即便如此，我們和國際種業(yè)集團的投入仍然無法相比。像孟山都這樣的跨國種子企業(yè)，一個企業(yè)的科研投入就相當(dāng)于我們國家所有的種業(yè)科研投入。
　　因此，我國的種業(yè)科研體制方面亟須做出調(diào)整，國家在基礎(chǔ)創(chuàng)新的投入方面不要太急功近利，因為有些基礎(chǔ)性創(chuàng)新需要很長的周期。習(xí)總書記在最近召開的科技大會上鼓勵科研人員做一些扎扎實實的基礎(chǔ)性創(chuàng)新，科技大會之后有關(guān)部門正在制定相關(guān)的政策，期待今后會有一些促進。
　　2誠信不足
　　相關(guān)的信用體系建立不完善、甚至完全沒有建立起來。我國種子市場的現(xiàn)狀是“兩多一少”。賣方多，現(xiàn)有持許可證的種子企業(yè)有四千多家，零售種子的店商有十萬之眾。買方多，購買種子的農(nóng)戶（合作社）過億；突破性的品種少。
　　這種供求雙方的情況決定了市場監(jiān)管的難度。種業(yè)市場中套牌、冒充現(xiàn)象常有發(fā)生，種子企業(yè)打假力不從心，對失信企業(yè)的懲治也不足。整個社會的信用體系建設(shè)是市場經(jīng)濟的保障和前提條件，國家對信用體系建設(shè)有一個大的規(guī)劃，種業(yè)是其中的一部分。
　　3種子企業(yè)的管理水平不高
　　2011年以來，我國的種子企業(yè)通過兼并重組等手段由8700多家減少到4600多家，減少的速度非常快。但是目前大部分種子企業(yè)的管理水平還不高，相當(dāng)一部分的企業(yè)還是家族式管理，沒有引進現(xiàn)代管理理念，企業(yè)文化缺失，風(fēng)險意識不強。
　　很多種子企業(yè)大起大落，發(fā)展波動很大。沒有企業(yè)文化，一個企業(yè)就沒有靈魂，就沒有凝聚力，也無法走得長久，不能持續(xù)發(fā)展。創(chuàng)新是硬的東西，誠信和管理水平雖然是軟的東西，但是對于一個企業(yè)的發(fā)展卻起到非常關(guān)鍵的作用。